เมื่อวิเคราะห์จากคำถามที่กล่าวว่าระบบสายน้ำเข้าท่อปลูกไปสัมผัสดิน ซึ่งมีความเป็นไปได้ว่าในดินที่ไปสัมผัสนั้นอาจมีการปนเปื้อนเชื้อโรคหรือสารเคมี ส่งผลให้เชื้อปนเปื้อนเข้าไปในระบบจ่ายสารละลายธาตุอาหาร หรือในน้ำที่เราใช้ในการเตรียมสารละลาย แพร่กระจายไหลไปตามน้ำเข้าสู่ต้นขึ้นฉ่าย จนทำให้เกิดการติดเชื้อที่ราก ซึ่งโรคของพืชไร้ดิน จะจำแนกเป็น -โรคเกิดที่ส่วนของใบ ลำต้น และส่วนที่อยู่เหนือรากของพืชที่อยู่เหนือสารละลายธาตุอาหารพืช เช่น โรคราแห้ง โรคราน้ำค้าง โรคผลเน่า โรคที่เกิดจากไวรัส -โรคเกิดที่ส่วนของรากที่อยู่ในสารละลายธาตุอาหารพืช เช่น โรครากเน่า โคนเน่า โรคเหี่ยว โรคที่เป็นปัญหาสำคัญในการปลูกพืชไร้ดิน สาเหตุเกิดจากเชื้อราที่สามารถแพร่ระบาดมาทางสารละลายธาตุอาหาร เชื้อสาเหตุ คือ เชื้อราพิเทียม โดยเข้าทำลายพืชได้ตั้งแต่ระยะเพาะกล้าจนโตเต็มที่แล้ว ถ้าเข้าทำลายเมล็ด จะทำให้เมล็ดเน่าและไม่งอกเลย ส่วนที่เพิ่งงอกจะทำลายส่วนโคนต้น ทำให้ต้นกล้าล้มตาย อีกทั้งเข้าไปทำลายระบบรากฝอย รากแขนง และตามโคนต้น ทำให้พืชไม่สามารถลำเลียงน้ำและอาหารไปเลี้ยงส่วนต่างๆ ของพืชได้ ลักษณะอาการแคระแกร็น ใบมีสีเหลืองซีด ใบม้วนงอ ใบเหี่ยวคล้ายขาดน้ำ ใบร่วง เมื่อลุกลามไปเรื่อยๆ จะทำให้พืชนั้นยืนต้นตาย ส่วนโคนต้นน่าจะเห็นกลุ่มเส้นใยลักษณะฟูคล้ายสำลี บางกรณีระบบรากของพืชอาจถูกทำลายเพียงบางส่วนทำให้ไม่ตาย สาเหตุการเกิดโรคนอกจากเชื้อที่มาทางสารละลายอาหารแล้ว อาจเกิดจากปัจจัยทางสภาพแวดล้อม อาทิเช่น อุณหภูมิสภาพแวดล้อมสูงขึ้น ส่งผลต่อปริมาณออกซิเจนในสารละลายลดลง หรือความชื้นสูงจนเป็นเหตุให้พืชอ่อนแอ และเป็นสภาวะที่เหมาะสมต่อการเจริญเติบโตของเชื้อโรค ทำให้เชื้อราพิเทียมก่อโรคได้ง่าย เชื้อราพิเทียมเมื่อเข้าสู่ระบบปลูกแล้วควบคุมยาก แพร่กระจายในน้ำได้ดี อยู่ได้ทั้งในดินและน้ำ ฝังตัวอยู่ในรากพืชที่เป็นโรค ดังนั้นถ้ารากพืชที่เป็นโรคเน่าเกาะติดอยู่กับรางปลูก และผู้ปลูกไม่สามารถทำความสะอาดภายในรางได้อย่างทั่วถึง เชื้อราจะสามารถกลับมาเจริญได้ใหม่ ผู้ปลูกอาจเคยพบว่าในช่วงของการเริ่มต้นปลูกจะไม่พอโรครากเน่า รากจะดูขาวดีและมีจำนวนมาก ระยะต่อมาจะเริ่มพบโรคเพียงเล็กน้อย ต่อมาพบรากมีสีน้ำตาลดำ โดยเฉพาะปลายราก ในที่สุดเมื่อเชื้อเพิ่มขึ้นและสามารถปรับตัวมีชีวิตอยู่รอดในระบบ ผู้ปลูกจะพบโรคทุกครั้งที่ปลูก โรคจะเพิ่มมากขึ้นเรื่อยๆ การใช้สารกำจัดเชื้อราควบคุมเชื้อราพิเทียมและเชื้อราอื่นๆ ที่เข้าทำลายรากพืชเป็นเพียงวิธีหนึ่ง แต่ในปัจจุบันพบว่ามีข้อจำกัดด้านความปลอดภัยต่อสุขภาพของผู้บริโภค มีรายงานพบว่าสามารถใช้ชีววิธี โดยใช้เชื้อจุลินทรีย์ควบคุมโรคพืชโดยใช้เชื้อราไตรโคเดอร์มา ฮาร์เซีมนัม (Trichoderma harzianum) เป็นเชื้อราปฏิปักษ์ที่มีประสิทธิภาพสูง ร่วมกับการเก็บพืชและเศษรากพืชที่เป็นโรคออกจากแปลง และถ่ายสารละลายในถังออกให้หมดเพื่อลดปริมาณเชื้อ หากทำความสะอาดระบบปลูกด้วยกรดหรือน้ำยาฆ่าเชื้อ จะเป็นการเพิ่มภาระค่าใช้จ่าย เสียเวลาและแรงงาน ก่อเกิดมลพิษในสภาพแวดล้อม นอกจากนี้ยังมีการศึกษาวิจัยใช้เชื้อแบคทีเรียปฏิปักษ์ (เชื้อบาซิลลัส) ยับยั้งเชื้อสาเหตุของโรค และส่งเสริมการเจริญเติบโตของพืชที่ปลูกในระบบไฮโดรโปนิกส์อีกด้วย สามารถอ่านเอกสารฉบับเต็มได้ที่ไฟล์แนบชื่อ "Hydroponic"