ศัตรูพืชที่พบเข้าทำลายมะเขือพวง ได้แก่ - เพลี้ยจักจั่นสีเขียว จะดูดกินน้ำเลี้ยงและเป็นพาหะโรคไวรัส ทำให้มีอาการใบเหลืองและขอบใบไหม้ ป้องกันกำจัดโดยใช้เชื้อราบิวเวอเรียและเมตาไรเซียมเพื่อป้องกันกำจัดแมลงศัตรูพืช - โรคแอนแทรคโนส อาการจะเป็นแผลวงกลมสีน้ำตาล ซึ่งจะขยายใหญ่ขึ้นจนทำให้แผลเน่า และกิ่งแห้งตาย บนแผลมีเชื้อราขึ้นเป็นตุ่มเล็ก ๆ สีดำขนาดเล็กกว่าหัวเข็มหมุด ขึ้นเรียงเป็นวงกลมซ้อนกันหลายชั้น เนื้อเยื่อบริเวณแผลยุบต่ำลงจากในระดับเดิมเล็กน้อย การป้องกันกำจัดควรพ่นสารป้องกันเชื้อราเป็นครั้งแรก และตัดแต่งกิ่งและผลที่เป็นโรคนำไปเผาไฟทำลายเพื่อป้องกันการระบาดไปต้นอื่น และสามารถใช้สารชีวภัณฑ์ Bs หรือบาซิลลัส ซับทิลิส (Bacillus subtilis) - โรคผลเน่าเกิดจากเชื้อรา อาการของผลและกิ่งจะปรากฏสีน้ำตาลแล้วลามเข้าไปทั้งผล และกิ่งจนแห้งตาย บนกิ่งแห้งพบเมล็ดราสีดำ ขนาดเล็กกว่าเข็มหมุดขึ้นตรงกลางแผลสีน้ำตาล การป้องกันกำจัด ตัดแต่งกิ่งเป็นโรคและผลเน่าออกจากแปลง พ่นด้วยยาป้องกันกำจัดเชื้อรา หรือใช้เชื้อราไตรโคเดอร์มาในการป้องกันกำจัด - โรคโคนเน่าเกิดจากเชื้อรา อาการที่พบคือต้นเหี่ยวเฉาตาย เมื่อถอนต้นขึ้นมาตรวจพบเชื้อรา เป็นเส้นใยสีขาวโคนต้นระดับดิน ทำให้โคนต้นแห้งเป็นสีน้ำตาล เชื้อราสร้างเส้นใยและมีเม็ดราเป็นสีขาวและดำเท่ากับเมล็ดผักกาดแทรกอยู่ระหว่างก้อนดินโคนต้น การป้องกันกำจัดให้ถอนต้นที่เป็นโรคเผาทิ้งนอกแปลง และใส่ปูนขาวในหลุมที่เป็นโรค หรือละลายปูนขาวกับน้ำรดโคนต้น และใช้สารป้องกันกำจัดเชื้อรารดโคนต้นเมื่อปลูกใหม่ (ใช้เชื้อราไตรโคเดอร์มาในการป้องกันกำจัดได้เช่นกัน) ควรปรับดินด้วยปูนขาวและใส่ปุ๋ยคอกหรือปุ๋ยอินทรีย์ให้มาก ควรปลูกพืชหมุนเวียนในแหล่งที่มีโรคระบาดมาก - เพลี้ยไฟ ตัวอ่อนมีลำตัวยาวสีเหลืองเคลื่อนไหวเร็ว อาศัยตามยอด ซอกใบและใต้ใบ ตัวเต็มวัยสีดำบินเร็ว เป็นศัตรูที่สำคัญ ระบาดได้รวดเร็ว โดยจะดูดน้ำจากใบทำให้ใบเหลือง แข็ง กรอบ ผิวใบอาจฉีกขาด ยอดมีสีน้ำตาล ไม่ค่อยเจริญเติบโต และต้นทรุดโทรมเร็ว ระบาดมากช่วงฤดูหนาว-ฤดูแล้ง การป้องกันกำจัดพ่นสารป้องกันกำจัดเพลี้ยไฟ เช่น คาร์โบซัลแฟน, ฟิโปรนิล, อะบาเมกติน หรือใช้เชื้อราบิวเวอเรียในการป้องกันกำจัด - เพลี้ยแป้งทำให้เกิดใบหยิกหด ใบและยอดอ่อนหยิกและหด ข้อสั้นและอวบหญ่มีสีเขียวเข้มไม่เจริญต่อไป เพราะมีศัตรูพืชที่มีแป้งสีขาวเกาะติดอยู่เป็นกระจุก การป้องกันกำจัดควรพ่นด้วยยาป้องกันกำจัดประเภทดูดซึมเช่นเดียวกับการกำจัดเพลี้ยไฟ หรือใช้เชื้อราบิวเวอเรียในการป้องกันกำจัด *การพ่นสารชีวภัณฑ์เชื้อรากำจัดแมลง ควรทำในช่วงเวลาที่เหมาะสมคือ ช่วงบ่ายหรือเย็น เพราะเชื้อราจะออกฤทธิ์ทำลายแมลงที่อุณหภูมิ 25-27 องศาเซลเซียส แต่ต้องไม่เกิน 38 องศาเซลเซียส และความชื้นประมาณร้อยละ 80 ซึ่งอุณหภูมิและความชื้นจะมีผลต่อประสิทธิภาพการทำลายแมลง และความอยู่รอดของเชื้อรา และไม่ควรพ่นสารชีภัณฑ์พร้อมสารเคมีป้องกันกำจัดศัตรูพืชโดยเด็ดขาด ทั้งนี้สามารถศึกษาเพิ่มเติมได้จาก คำแนะนำที่ 1/2563: การใช้เชื้อจุลินทรีย์ (ชีวภัณฑ์) ในการควบคุมศัตรูพืช ตรงข้อมูลเพิ่มเติมด้านล่าง