การกำจัดโรคตายพรายเป็นเรื่องที่จัดการได้ยาก เพราะเชื้อราฟิวซาเรี่ยมสามารถมีชีวิตอยู่ในดินได้นานหลายปี และที่สำคัญไม่มีสารเคมีกำจัดเชื้อราฟิวซาเรี่ยมที่ได้ผล การบริหารจัดการด้านการปลูกพอช่วยได้บ้าง คือ ระวังอย่าใช้หน่อปลูกจากต้นแม่ที่เคยมีอาการโรคตายพราย แม้ว่าหน่อที่แตกออกมาใหม่นั้นจะสมบรูณ์ก็ตาม เพราะเชื้อราฟิวซาเรี่ยมสามารถเข้าไปอยู่ในต้นพืชได้โดยมีช่วงที่ไม่แสดงอาการ ควรหาหน่อปลูกจากแหล่งที่ปลอดโรคจากพื้นที่ที่ไม่มีการระบาดของโรคตายพราย หลังจากที่ปลูกหน่อกล้วยแล้วต้องหมั่นสำรวจหน่อกล้วยว่าเริ่มพบอาการหรือไม่ ถ้าเป็นพื้นที่ทีเคยพบเกิดโรคตายพรายมาก่อน ก็มีโอกาสสูงที่จะเกิดโรคซ้ำอีก ส่วนการใช้สารชีวภัณฑ์ (Biofungicide) เพื่อป้องกันกำจัดโรคกำลังเป็นที่สนใจในต่างประเทศ โดยเฉพาะป้องกำจัดโรคที่มีสาเหตุจากเชื้อฟิวซาเรียม ได้แก่ สารชีวภัณฑ์ บาซิลลัส ซับทิลิส (Bacillus subtilis based-fungicide) บาซิลลัส ซับทิลิส (Bacillus subtilis) เป็นแบคทีเรียชนิดหนึ่งที่มีอยู่ทั่วไปในทุกที่ มีคุณสมบัติเป็นปฏิปักษ์กับเชื้อจุลินทรีย์อื่นๆ ที่เป็นศัตรูพืชได้ ดังนั้นในทางวิชาการจึงนำแบคทีเรียชนิดนี้มาใช้ประโยชน์ในการป้องกำจัดโรคพืชทางการเกษตร จนปัจจุบัน ได้มีงานวิจัยและพัฒนาที่ก้าวหน้าไปมาก ทำให้สามารถคัดเลือกสายพันธุ์ของบาซิลลัส ซับทิลิส ที่มีความสามรถพิเศษเฉพาะในการกำจัดโรคหลายชนิด จนสามารถนำไปจดสิทธิบัตร และผลิตออกมาเป็นผลิตภัณฑ์สำเร็จรูปได้ในเชิงอุตสาหกรรม เหมือนกับสารเคมีสังเคราะห์