อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันประเทศไทยยังไม่มีกฎหมายบังคับ หรือมีหน่วยงานเฉพาะที่ทำหน้าที่ตรวจแปลงขยายพันธุ์เพื่อรับรองเมล็ดพันธุ์ ดังนั้นในการผลิตเมล็ดพันธุ์ของสำนักเมล็ดพันธุ์ข้าวจึงได้สร้างระบบตรวจสอบ ควบคุม กำกับขึ้นภายในหน่วยงานเอง เพื่อทำการตรวจสอบคุณภาพแปลงขยายพันธุ์ โดยกำหนดและแต่งตั้งเป็นคณะกรรมการตรวจแปลงขยายพันธุ์อย่างเป็นทางการขึ้นในแต่ละศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าว โดยมีเจ้าหน้าที่งานควบคุมคุณภาพร่วมเป็นคณะกรรมการด้วย ซึ่งเริ่มจากการกำหนดเป้าหมายการผลิตเมล็ดพันธุ์ในแต่ละชนิด จัดทำขึ้นโดยอาศัยข้อมูลพื้นฐานหลายด้าน ได้แก่ การตลาด สภาพพื้นที่ในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ ชนิดของพืชพันธุ์ที่ดำเนินการผลิต
การกำหนดเป้าหมายการผลิตเมล็ดพันธุ์ในแต่ละชนิดแต่ละพืชพันธุ์ จัดทำขึ้นโดยอาศัยข้อมูลพื้นฐานหลายด้าน ได้แก่ การตลาด สภาพพื้นที่ในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ ชนิดของพืชพันธุ์ที่ดำเนินการผลิต การกำหนดช่วงเวลาการปลูกและเก็บเกี่ยวให้เหมาะสมกับความต้องการของลูกค้า และสภาพภูมิอากาศเพื่อให้เมล็ดพันธุ์ที่ผลิตได้มีคุณภาพดี แหล่งและปริมาณเมล็ดพันธุ์ที่ใช้จัดทำแปลงขยายพันธุ์ รายละเอียดขั้นตอนการปฏิบัติในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ วัสดุอุปกรณ์และเงินทุน ตลอดจนบุคลากรที่มีความรู้ ความชำนาญทำหน้าที่ในการให้คำแนะนำ ติดตามกำกับการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ของเกษตรกรให้มีคุณภาพได้ตามมาตรฐาน
ทั้งนี้ ขั้นตอนที่สำคัญของการผลิตเมล็ดพันธุ์ของกรมการข้าวนั้น คือ ขั้นตอนการตรวจตัดพันธุ์ปน โดยจะตรวจสภาพต้นพืชที่ปลูกอยู่ในแปลงขยายพันธุ์ว่ามีลักษณะตรงตามพันธุ์พืชปลูกที่ต้องการเพียงใดหรือมีต้นพืชพันธุ์อื่นขึ้นปะปนอยู่หรือไม่ ซึ่งเกษตรกรเองสามารถดำเนินการกำจัดข้าวพันธุ์ปนไปพร้อมกับการกำจัดวัชพืชและการตรวจโรคแมลงในแปลงขยายพันธุ์ได้ ตามระยะต่าง ๆ ได้แก่
1.ระยะกล้า ตรวจดูความแตกต่างของสีใบ ความสูง สีลำต้น ทรงต้น มุมของใบกับลำต้นและใบที่แสดงอาการเป็นโรค (ข้อพิจารณาเพิ่มเติม การเตรียมแปลงกล้าควรไถหมักดินไว้ อย่างน้อย 10-15 วัน แปลงกล้าไม่ควรมีพืชพันธุ์อื่น แปลงกล้าต้องห่างจากแปลงพันธุ์ข้าวอื่น อย่างน้อย 3 เมตร ถอนกล้าโดยเว้นรอบขอบแปลงอย่างน้อย 50 เซนติเมตร)
2.ระยะแตกกอ ตรวจดูความแตกต่างของความสูง ลักษณะและสีของใบ สีลำต้น ทรงกอ การแตกกอ มุมของใบกับลำต้น ต้นที่เป็นโรคหรือมีลักษณะที่ผิดปกติและข้าววัชพืช
3.ระยะออกดอก ตรวจดูลักษณะช่อดอก ช่วงเวลาการออกดอกก่อนหรือหลังเมื่อทำการเปรียบเทียบกับต้นพืชพันธุ์ที่ปลูก สีของรวง ความสูงของรวง การชูรวง ความยาวของคอรวง ลักษณะมุมและสีของใบธง และทรงของกอข้าวที่ต่างกัน
4.ระยะโน้มรวง ตรวจดูความแตกต่างของสีเมล็ดและรวงข้าว ลักษณะและความยาวของหางคอรวง ลักษณะของเมล็ดและรวงข้าวที่แตกต่างกัน ลักษณะการโน้มของรวงข้าวและลักษณะการตั้งของใบธง
5.ระยะก่อนเก็บเกี่ยว ตรวจดูความแตกต่างของต้นข้าวและเมล็ดข้าวเปลือกที่มีลักษณะที่แตกต่างออกไปจากต้นข้าวพันธุ์ที่ปลูกก่อนทำการเก็บเกี่ยว
นอกจากนี้ เจ้าหน้าที่ตรวจแปลงขยายพันธุ์ควรดำเนินการควบคู่ไปกับการสุ่มตรวจด้วยการสอบถามข้อมูลประวัติการปลูกพืชในฤดูที่ผ่านมา เพื่อป้องกันความเสี่ยงที่อาจเกิดจากพืชเรื้อขึ้นปะปน ตรวจสอบระยะห่างระหว่างแปลงปลูกกับพืชพันธุ์อื่นให้อยู่ในระยะที่ปลอดภัยจากการปะปนพันธุ์อื่นด้วย
อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันประเทศไทยยังไม่มีกฎหมายบังคับ หรือมีหน่วยงานเฉพาะที่ทำหน้าที่ตรวจแปลงขยายพันธุ์เพื่อรับรองเมล็ดพันธุ์ ดังนั้นในการผลิตเมล็ดพันธุ์ของสำนักเมล็ดพันธุ์ข้าวจึงได้สร้างระบบตรวจสอบ ควบคุม กำกับขึ้นภายในหน่วยงานเอง เพื่อทำการตรวจสอบคุณภาพแปลงขยายพันธุ์ โดยกำหนดและแต่งตั้งเป็นคณะกรรมการตรวจแปลงขยายพันธุ์อย่างเป็นทางการขึ้นในแต่ละศูนย์เมล็ดพันธุ์ข้าว โดยมีเจ้าหน้าที่งานควบคุมคุณภาพร่วมเป็นคณะกรรมการด้วย ซึ่งเริ่มจากการกำหนดเป้าหมายการผลิตเมล็ดพันธุ์ในแต่ละชนิด จัดทำขึ้นโดยอาศัยข้อมูลพื้นฐานหลายด้าน ได้แก่ การตลาด สภาพพื้นที่ในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ ชนิดของพืชพันธุ์ที่ดำเนินการผลิต
การกำหนดเป้าหมายการผลิตเมล็ดพันธุ์ในแต่ละชนิดแต่ละพืชพันธุ์ จัดทำขึ้นโดยอาศัยข้อมูลพื้นฐานหลายด้าน ได้แก่ การตลาด สภาพพื้นที่ในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ ชนิดของพืชพันธุ์ที่ดำเนินการผลิต การกำหนดช่วงเวลาการปลูกและเก็บเกี่ยวให้เหมาะสมกับความต้องการของลูกค้า และสภาพภูมิอากาศเพื่อให้เมล็ดพันธุ์ที่ผลิตได้มีคุณภาพดี แหล่งและปริมาณเมล็ดพันธุ์ที่ใช้จัดทำแปลงขยายพันธุ์ รายละเอียดขั้นตอนการปฏิบัติในการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ วัสดุอุปกรณ์และเงินทุน ตลอดจนบุคลากรที่มีความรู้ ความชำนาญทำหน้าที่ในการให้คำแนะนำ ติดตามกำกับการจัดทำแปลงขยายพันธุ์ของเกษตรกรให้มีคุณภาพได้ตามมาตรฐาน