ปัญหาใหญ่ของการปลูกทุเรียนคือ ปัญหาทางด้านโรคพืช ได้แก่ โรครากเน่าโคนเน่า ที่มีมาช้านานแล้ว นักวิจัย ก็พบแล้วว่าเกิดจากเชื้อราที่สำคัญคือ ไฟทอปทอร่า พาลมิวอร่า (Phytophthora palmivora) อาการที่แสดงออกคือ มีแผลสีน้ำตาลเข้มโคนต้น ฉ่ำน้ำ เนื่องจากระบบรากถูกทำลาย นอกจากนี้ ยังมีเชื้อราอีก ได้แก่ เชื้อราลาสิโอดิปโพลเดีย ทีโอโบรมี (Lasiodiplodia theobromae) สาเหตุโรคผลเน่า หรือเชื้อราไรซอคโทเนีย โซลาไน (Rhizoctonia solani) สาเหตุโรคใบติดของทุเรียน เป็นต้น

แต่เมื่อไม่นานมานี้ นักวิจัยพบว่า ทุเรียน มีอาการ กิ่งแห้ง บริเวณกิ่งมีเชื้อราสีขาวเจริญเป็นหย่อมๆ ใบที่ติดปลายกิ่งมีสีเหลืองและร่วงไป ซึ่งถ้ามองเผินๆ เกษตรกรอาจจะคิดว่า เกิดจากเชื้อราไฟทอปทอร่า พาลมิวอร่า สาเหตุเดียวกับโรครากเน่าโคนเน่า แต่นักวิจัยทดลองแยกเชื้อ ได้เชื้อราฟิวซาเรียม โซลาไน (Fusarium solani) และเมื่อปลูกเชื้อกลับเข้าไปที่ต้นกล้าทุเรียน อายุ 5 เดือน พบบริเวณกิ่งเกิดอาการเช่นเดิม จึงสรุปออกมาว่า เชื้อราฟิวซาเรียม โซลาไน เป็นเชื้อสาเหตุโรคกิ่งแห้งทุเรียน ซึ่งตอนนี้ระบาดมากแถวจังหวัดชุมพร จังหวัดสุราษฎร์ธานี และพบได้ในเขตจังหวัดจันทบุรีเช่นกัน เชื้อราตัวนี้ เมื่อเข้าทำลายบริเวณกิ่ง จะทำให้ท่อลำเลียงน้ำและอาหารถูกทำลาย น้ำจากรากที่ถูกลำเลียงขึ้นมาไปเลี้ยงกิ่งและใบไม่ได้ ทำให้กิ่งแห้ง ใบเหลืองและแห้ง ร่วง และต้นตายในที่สุด

รองศาสตราจารย์ ดร. รัติยา พงศ์พิสุทธา ภาควิชาโรคพืช คณะเกษตร กำแพงแสน มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ วิทยาเขตกำแพงแสน นักวิจัย (ได้รับการสนับสนุนงานวิจัยจากสำนักงานคณะกรรมการส่งเสริมวิทยาศาสตร์ วิจัยและนวัตกรรม-สกสว.) ซึ่งเป็นผู้ให้ข้อมูลข้างต้น เผยว่า จากการทดสอบความสามารถในการเกิดโรคเพื่อยืนยันการเป็นเชื้อสาเหตุที่แท้จริง โดยการปลูกเชื้อแบบไม่ทำแผลลงบนกิ่งทุเรียนสายพันธุ์หมอนทองอายุ 5 เดือน พบว่ากิ่งทุเรียนแสดงอาการโรคหลังการปลูกเชื้อ 3 วัน กิ่งที่ปลูกเชื้อมีแผลสีแดงเข้ม ขอบแผลสีน้ำตาล หลังการปลูกเชื้อ 7 วัน พบแผลสีน้ำตาลอ่อน เนื้อแผลด้านในสีน้ำตาลอ่อนถึงน้ำตาลเข้ม ใบที่ติดปลายกิ่งมีสีเหลือง ต่อมาหลุดร่วงไป ส่วนการป้องกันและควบคุม นั้น งานวิจัยนี้มีวัตถุประสงค์ในการหาสารเคมีที่สามารถควบคุมเชื้อสาเหตุโรคที่สำคัญที่ทำให้เกิดโรคกิ่งแห้งและครอบคลุมโรครากเน่าของทุเรียน เพื่อหลีกเลี่ยงการผสมสารเคมีมากกว่า 1 ชนิด ซึ่งอาจทำให้ประสิทธิภาพของสารเคมีลดลง

รองศาสตราจารย์ ดร. รัติยา แนะนำว่า จากการทดสอบประสิทธิภาพของสารเคมี จำนวน 18 ชนิด บนอาหารเลี้ยงเชื้อในระดับห้องปฏิบัติการ ในการยับยั้งการเจริญของเส้นใยเชื้อราฟิวซาเรียม โซลาไน และให้ผลครอบคลุมถึงเชื้อราไฟทอปทอร่า พาลมิวอร่า รวมถึงเชื้อราพิเทียม เว็กแซนส์ ซึ่งทำให้เกิดโรครากเน่าของทุเรียนได้เช่นกัน ผลการทดลองพบว่า สารเคมี hymexazole ความเข้มข้น 1,000 ppm และสารเคมี copper hydroxide ที่ความเข้มข้น 1,250 ppm มีประสิทธิภาพต่อการยับยั้งการเจริญของเส้นใยเชื้อราดังกล่าว