อาจไปมีผลกระทบกับจุลินทรีย์ชนิดอื่นในดินได้ค่ะ เพราะน้ำส้มควันไม้มีคุณสมบัติที่เป็นกรด (ค่า pH ประมาณ 1.5 - 3.7) ใช้ฉีดพ่นลงดินเพื่อฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ ไส้เดือนฝอย และศัตรูพืชในดินได้ (การใช้น้ำส้มควันไม้เพื่อฆ่าเชื้อจุลินทรีย์และแมลงในดินนั้น มีโทษต่อพืชที่ปลูก ควรทำก่อนการเพาะปลูกอย่างน้อย 10 วัน) ปกติการใช้น้ำส้มควันไม้เพื่อรักษาอาการรากเน่าจากเชื้อรา จะใช้น้ำส้มควันไม้ 1 ลิตร ผสมน้ำ 100 ลิตร ราดที่โคนต้นเพื่อรักษาโรคราและโรครากเน่า ทั้งนี้ น้ำส้มควันไม้อาจมีประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญของเชื้อราไม่ 100% เพราะน้ำส้มควันไม้ที่จะไปยับยั้งเชื้อราได้ชั่วคราวเท่านั้น แนะนำให้ลองใช้สารชีวภัณฑ์ เช่น เชื้อราไตรโคเดอร์มา, เชื้อแบคทีเรียบาซิลลัส ฯลฯ ที่สามารถกำจัดเชื้อราโรคพืชได้หลายชนิดแทน