การทำก้อนเชื้อเห็ดฟาง ต้องมีวัสดุเพาะ ได้แก่ ขี้เลื่อย รำข้าว ดีเกลือ ปูนขาว น้ำ (ใส่ 60-75%) จากนั้นนำมาผสมคลุกเคล้าให้เข้ากัน แล้วกรอกใส่ถุงอัดก้อน ซึ่งก้อนทำเชื้อเห็ดจะมีน้ำหนักประมาณ 1 กิโลกรัม จากนั้นนำไปเข้าตู้นึ่งหรือหม้อนึ่งความดัน (autocave) เพื่อฆ่าเชื้อจุลินทรีย์ เมื่อนำก้อนเชื้อเห็ดออกมาจากหม้อนึ่งความดันให้ทิ้งพักไว้ให้เย็น แล้วใส่หัวเชื้อเห็ดชนิดที่ต้องการลงในก้อนเชื้อเห็ด (ต้องทำในสภาพปลอดเชื้อ) จากนั้นนำไปเข้าโรงบ่มเพื่อให้เชื้อเห็ดเดินเต็มก้อน (ให้สังเกตก้อนเชื้อเห็ดถ้ามีลักษณะสีขาวเต็มก้อน แสดงว่าเชื้อเดินเต็มก้อนแล้ว) และทำการเปิดดอก เพื่อให้ดอกเห็ดโผล่ออกจากปากถุง และสามารถเก็บดอกเพื่อจำหน่ายต่อไป ในการทำก้อนเชื้อเห็ด สิ่งที่ต้องคำนึงถึง คือ วัสดุเพาะ เช่น ขี้เลื่อยต้องนำมาพักให้ย่อยสลายก่อน (จะไม่ใช้ขี้เลื่อยใหม่) และเชื้อเห็ดควรมาจากแหล่งผลิตเชื้อที่มีคุณภาพ ไม่มีเชื้อโรคปนเปื้อน