โดยทั่วไป ต้นมะละกอสามารถแบ่งได้เป็น 3 ชนิด คือ
1. ต้นเพศเมีย มีดอกขนาดเล็ก ลักษณะกลม ป้อม ให้ผลค่อนข้างกลมและมีขนาดเล็กเช่นเดียวกัน เนื้อผลบาง ไม่มีเมล็ด
2. ต้นเพศผู้ ออกดอกสีขาวเป็นช่อ ยาวประมาณ 25-30 เซนติเมตร มีดอกย่อยจำนวนมาก แต่ไม่ติดผล ดอกจะร่วงหมดทั้งช่อ
3. ต้นกะเทย ลักษณะดอกอวบอ้วน ให้ผลขนาดใหญ่ เนื้อหนา รสหวาน เป็นที่ต้องการของตลาด

วิธีคัดเมล็ดมะละกอไว้ทำพันธุ์
หากใครต้องการคัดเมล็ดมะละกอจากผลที่ซื้อมารับประทานไว้ทำพันธุ์ ขอแนะนำให้เลือกซื้อมะละกอผลใหญ่ สมบูรณ์ ไม่มีโรคและแมลงศัตรูทำลายหรือติดมา เมื่อคัดผลที่ได้ขนาดตามที่ต้องการแล้ว ให้นำผลมะละกอมาตัดแบ่งเป็น 3 ส่วน คือส่วนหัว ส่วนกลาง และส่วนท้ายหรือก้น นำเมล็ดจากเฉพาะส่วนกลางของผล ให้ใช้ช้อนขูดออกเบาๆ จนหมด ล้างในน้ำสะอาด บีบส่วนที่เป็นเมือกใสๆ ออก ล้างน้ำอีกหลายครั้งจนพอใจ

หลังจากนั้น นำเมล็ดมะละกอขึ้นผึ่งบนตะแกรงให้สะเด็ดน้ำ แล้วเทลงบนกระดาษซับน้ำหรือกระดาษหนังสือพิมพ์ก็ได้ เกลี่ยเมล็ดกระจายออก อย่าให้ทับกัน ผึ่งลมไว้อีก 3-4 วัน ให้แห้งสนิทดี แล้ว จึงค่อยคัดเอาเฉพาะเมล็ดที่มีสีดำเท่านั้น ส่วนเมล็ดสีน้ำตาลคัดทิ้งไป

เมล็ดมะละกอสีดำเมื่อนำไปทำพันธุ์ปลูกจะได้ต้นกะเทยมากกว่า 90 เปอร์เซ็นต์ หากบังเอิญมีต้นเพศเมียหรือต้นเพศผู้หลงติดมาก็อย่าได้ตกใจ คุณสามารถเปลี่ยนเพศมันได้ด้วยวิธีใช้มีดสะอาดและคม ตัดคอต้นเพศเมียหรือต้นเพศผู้ให้ขาด เหลือใบไว้เพียง 2-3 ใบ บำรุงต้นให้สมบูรณ์ด้วยน้ำปัสสาวะเจือจางด้วยน้ำ หรือรดด้วยปุ๋ยยูเรียละลายน้ำสะอาดทุกสัปดาห์ ในไม่ช้าต้นมะละกอต้นดังกล่าวจะแตกยอดที่สมบูรณ์ และให้ผลเป็นต้นกะเทย 100 เปอร์เซ็นต์ เมื่อนำไปปลูกจะได้ มะละกอขนาดผลใหญ่ เนื้อหนา และรสหวาน ถูกใจคนปลูก คนซื้อทุกประการ