ลักษณะอาการ อาการเกิดที่กิ่ง ลำต้น และโคนต้น จะเห็นเป็นปุ่มนูนขึ้นมาที่ลำต้น และกิ่ง ส่วนใหญ่จะพบตรงรอยต่อของกิ่ง และโคนต้น จะมีอาการเปลือกแตกคล้ายระเบิดออกมา เนื้อเยื่อเปลือกและเนื้อไม้เป็นแผลสีน้ำตาล ถ้าอาการรุนแรงแผลจะขยายใหญ่ลุกลามจนรอบโคนต้นต้นกระท่อมที่ถูกทำลายมักพบรูพรุนตามโคนต้นและกิ่ง สันนิษฐานว่าเป็นการเข้าทำลายของมอด และมอดจะนำเชื้อราสาเหตุของโรครากเน่าโคนเน่าแพร่กระจายไปยังส่วนอื่นของต้นกระท่อม หากอาการเกิดที่รากจะพบอาการเน่ามีลักษณะเปลือกล่อน และเปื่อยยุ่ยเป็นสีน้ำตาล เมื่อโรครุนแรงอาการเน่าจะลามไปยังรากแขนงและโคนต้น ทำให้ต้นกระท่อมโทรมและยืนต้นตาย

การแพร่ระบาด จากการนำส่วนของพืชที่ถูกโรคทำลายมาเพาะเลี้ยงเชื้อพบว่ามีเชื้อราไฟทอปเทอร์รา (Phytophthora spp.) เชื้อนี้จะแพร่กระจายในอากาศโดยลม ไปตามน้ำและฝน เนื่องจากเชื้อราสร้างสปอร์ที่สามารถเคลื่อนที่ไปตามน้ำได้ และสร้างสปอร์ที่สามารถพักตัวอยู่ในดินได้เป็นเวลานาน เมื่อมีสภาวะแวดล้อมเหมาะสมก็สามารถงอกเส้นใยเข้าทำลายพืชได้ สภาวะเหมาะสมที่เชื้อราแพร่ระบาดได้ดีในช่วงที่มีฝนตกชุก และความชื้นสูง

การป้องกันกำจัดโรค
1. ใช้วิธีเขตกรรมที่เหมาะสม เช่น การรักษาความสะอาด สุขอนามัยพืช ปลูกมีการระบายน้ำได้ดี เช่น ทำร่องระบายน้ำในบริเวณที่เป็นพื้นที่ต่ำเพื่อป้องกันน้ำท่วมขัง หากเกิดน้ำท่วมขังต้องรีบระบายน้ำออกให้เร็วที่สุด ใช้วิธีเขตกรรมที่เหมาะสม เช่น การรักษาความสะอาด สุขอนามัยพืช ใช้ต้นกล้าปลอดโรค และปรับให้พื้นที่ปลูกมีการระบายน้ำได้ดี เช่น ทำร่องระบายน้ำในบริเวณที่เป็นพื้นที่ต่ำเพื่อป้องกันน้ำท่วมขัง หากเกิดน้ำท่วมขังต้องรีบระบายน้ำออกให้เร็วที่สุด
2. ตัดแต่งทำลายกิ่งที่เป็นโรคและตัดแต่งทรงพุ่มให้โปร่ง เพื่อให้เกิดการถ่ายเทอากาศและแสงแดดส่องถึง หลีกเลี่ยงการกระทำที่อาจทำให้รากหรือลำต้นเกิดแผล ซึ่งจะเป็นช่องทางให้เชื้อราสาเหตุโรคพืชเข้าทำลายได้ง่าย
3. ต้นกระท่อมที่เป็นโรครุนแรงมาก หรือยืนต้นแห้งตาย ต้องขุดออก แล้วนำไปทำลายนอกแปลงปลูก ตากดินไว้ระยะหนึ่ง แล้วจึงปลูกพืชทดแทน
4. ไม่นำเครื่องมือตัดแต่งที่ใช้กับต้นกระท่อมที่เป็นโรคไปใช้ต่อกับต้นปกติ ควรทำความสะอาดเครื่องมือโดยจุ่มด้วยคลอร็อกซ์ 10% หรือแอลกอฮอล์ 70% นานประมาณ 5-10 นาที ก่อนนำไปใช้ใหม่ทุกครั้ง
5. หมั่นสำรวจสวนเป็นประจำ ใส่ปุ๋ยอินทรีย์ และปุ๋ยเคมี อย่างสมดุลเพื่อบำรุงพืชให้สมบูรณ์แข็งแรง เสริมสร้างความสมบูรณ์ของต้น โดยการใส่ปุ๋ย สูตร 16-16-16 หรือ 15-15-15 แต่หากพบว่าต้นมีความสมบูรณ์มากเกินไป ควรเปลี่ยนเป็นปุ๋ยที่มีไนโตรเจนต่ำเช่น 8- 24-24, 9-24-24 หรือ 13-13-21 เพื่อให้ต้นมีความแข็งแรง ไม่อ่อนแอต่อโรค และพ่นด้วยปุ๋ยทางใบที่มีธาตุรองหรือจุลธาตุอย่างน้อย 1-2 ครั้ง เพื่อให้เกิดสมดุลของธาตุอาหารและทำให้ต้นแข็งแรงมีความต้านทานต่อโรค
6. หลีกเลี่ยงไม่ปลูกพืชที่อาจเป็นพืชอาศัยของเชื้อราสาเหตุโรครากเน่าโคนเน่าในบริเวณแปลงกระท่อม
7. การลดปริมาณเชื้อราสาเหตุของโรคลำต้นเน่า มีวิธีปฏิบัติดังนี้
7.1 ตรวจแปลงอย่างสม่ำเสมอ เก็บชิ้นส่วนของใบ เปลือก หรือผลเน่าที่ร่วงหล่นบริเวณโคนต้นที่เป็นโรคออกนอกแปลง โดยการใส่ถุงพลาสติกนำออกตากแดดแล้วทำลายในภายหลัง ไม่ควรปล่อยทิ้งไว้ในสวนอย่างเด็ดขาด เพื่อลดปริมาณเชื้อราที่อาศัยนอกฤดูที่อาจเป็นแหล่งกำเนิดของโรคในฤดูต่อไปได้
7.2 ตรวจวิเคราะห์ดินหาความเป็นกรด-ด่าง (pH) แล้วปรับให้อยู่ในค่าที่เหมาะสมต่อการปลูกกระท่อม คือ 4.5-6.5 โดยการหว่านด้วยปูนขาว หรือปูนโดโลไมท์หลังจากเก็บเกี่ยวผลผลิตแล้ว ความเป็นกรด-ด่าง ของดินที่พบโรคมักมีค่าประมาณ 4-4.5 ซึ่งดินที่มีความเป็นกรดในระดับดังกล่าว พืชจะไม่สามารถใช้ดูดหรือใช้อาหารได้ อีกทั้งเหมาะต่อการเจริญของเชื้อราไฟทอปเทอร์รา
8. หากพบอาการโรคลุกลามมาก ให้ถากบริเวณที่เน่าเสียออกบาง ๆ เก็บรวบรวมส่วนต่าง ๆ ของลำต้นที่เป็น โรคที่ถากออกไปทำลายนอกแปลง การถากเอาส่วนที่เป็นโรคออกหลังจากขูดหรือถากต้น และทาด้วยสารป้องกันกำจัดโรคพืชประเภทดูดซึมที่มีประสิทธิภาพเฉพาะกับเชื้อรา เช่น เมทาแลกซิล 25% WPอัตรา 50-60 กรัมต่อน้ำ 1 ลิตร หรือ เมทาแลกซิล 35% SD อัตรา 45 กรัมต่อ น้ำ 1 ลิตร หรือ ฟอสอีทิล-อะลูมิเนียม 80% WP อัตรา 80-150 กรัมต่อน้ำ 1 ลิตร เป็นต้น หลังจากทาสารป้องกันกำจัดโรคพืชแล้ว จากนั้นประมาณ 15-20 วัน ควรตรวจดูแผลที่ทาไว้ หากยังมีลักษณะฉ่ำน้ำ ควรทาซ้ำอีก 3-4 ครั้ง หรือจนกว่าแผลจะแห้ง

แนวทางการป้องกันกำจัดโรคโดยการใช้ชีวภัณฑ์ควบคุมโรคพืช
1. ใส่ปุ๋ยคอก ปุ๋ยหมัก หรือเศษซากพืชคลุมดิน เพื่อส่งเสริมให้จุลินทรีย์ที่มีอยู่หลายชนิดในดินเพิ่มปริมาณ ซึ่งจะทำให้เกิดการแก่งแย่งกับจุลินทรีย์สาเหตุโรคพืช การใช้จุลินทรีย์ปฏิปักษ์ลงในดินโดยตรง เช่น เชื้อรไตรโคเดอร์มาชนิดสดที่ทำการขยายเชื้อโดยใช้ข้าวสุก โดยใช้เชื้อสดจำนวน 1 กิโลกรัม ผสมกับรำข้าว 5 กิโลกรัม ปุ๋ยหมัก 40 กิโลกรัม ผสมให้เข้ากันและนำไปโรยบนดินบริเวณใต้ทรงพุ่มของพืชตรงบริเวณที่มีรากฝอยขึ้นอยู่ ต้นกระท่อมที่มีอายุ 1-5 ปี ใช้อัตรา 2-3 กิโลกรัมต่อต้น ส่วนต้นที่มีอายุมากกว่า 5 ปี ขึ้นไป ให้ใช้อัตรา 5 กิโลกรัมต่อต้น หรือสามารถรองก้นหลุมก่อนปลูกพืช ในอัตรา 50-100 กรัมต่อตารางเมตร แล้วใช้เศษซากพืชกลบทับ ปีละ 1-2 ครั้ง จะให้ผลดียิ่งขึ้นในการช่วยลดปริมาณเชื้อโรคที่อยู่บนดิน รวมทั้งกิ่ง และลำต้น
2. การใช้ชีวภัณฑ์น้ำเลี้ยงเห็ดเรืองแสงสิรินรัศมี เป็นการประยุกต์จากการใช้ชีวภัณฑ์ในการควบคุมโรครากเน่าโคนเน่าที่ใช้ในกับทุเรียน โดยทำการถากเปลือกออกบาง ๆ ก่อน จากนั้นนำน้ำเลี้ยงเห็ดเรืองแสงสิรินรัศมีผสมกับฝุ่นทาที่แผลเน่า และควรตรวจดูแผลที่ทาไว้หากยังมีลักษณะฉ่ำน้ำควรทาซ้ำอีก 3-4 ครั้ง หรือจนกว่าแผลจะแห้ง แม้การใช้เชื้อจุลินทรีย์จะไม่สามารถรักษาให้ต้นกระท่อมหายจากโรคได้รวดเร็วเหมือนการใช้สารเคมี แต่ได้ประโยชน์ในแง่ของการรักษาสภาพแวดล้อมและสมดุลของธรรมชาติ และลดปริมาณสารเคมีที่อาจปนเปื้อนไปกับผลผลิตได้ ซึ่งเทคโนโลยีดังกล่าวนี้จำเป็นที่ต้องมีการวิจัยเพิ่มเติมต่อไป